RS Panti Nugroho menjadi salah satu fasilitas kesehatan yang menjadi tempat pelaksanaan vaksinasi Covid  19. Pelaksanaan vaksinasi hari pertama dilaksanakan pada tanggal 14 Januari 2021, dimana hampir seluruh kuota yang ada merupakan tenaga kesehatan dari RS Panti Nugroho.

Dalam rangka memperlancar pelaksanaan Vaksinasi tersebut, RS Panti Nugroho telah menyediakan klinik khusus Vaksinasi Covid 19  dan juga dibentuk Tim khusus yang dikoordinir oleh dr. Sesarius Bimo W. Menurut Direktur RS Panti Nugroho, dr Henry Widyanto, Vaksinasi Cocid 19 ini bertujuan untuk menurunkan angka kesakitan dan kematian akibat covid 19, mencapai kekebalan (herd immunity), melindungi dan  mencegah kesehatan masyarakat dan diharapkan annti dapat ikut memperkuat sistem kesehatan secara menyeluruh. Diharapkan , meskipun sudah mendapatkan vaksinasi covid 19, masyarakat  tetap patuh terhadap protokol kesehatan yaitu melakukan  3M (memakai masker, mencuci tangan dan menjaga jarak