Awal berkarya di Rumah Sewaan milik Lurah Pakem pada tahun 1968 Muncul gagasan dari Romo Kijm untuk membangun menjadi lebih besar yaitu Rumah Bersalin dan Balai Pengobatan dengan bantuan dana dari CEBEMO. Didukung oleh Romo Rommens berupa bantuan sebidang tanah seluas 3.980 m2, yang diperoleh dari Yayasan PAPA MISKIN. Th 1972 pemberkatan oleh Mgr. Kardinal Julius- Darmoatmojo, RB – BP Panti Nugroho didukung oleh dua tenaga perintis yaitu Sr. Yulia dan Sr. Cecilio Pengembangan selanjutnya dengan diperbantukannya tenaga medis dari RS Panti Rapih untuk mengelola RS secara profesional Tahun 1994 berpartisipasi dengan program pemerintah seperti melaksanakan RB Sayang Bayi, Posyandu, UKS, dll. Tahun 1996 RB – BP Panti Nugroho berhasil meraih penghargaan sebagai juara I RB Sayang Bayi Swasta Tingkat II Kab. Sleman dan Juara I RB Sayang Bayi Swasta Prop. DIY. Tanggal 2 Maret 1999 status RB – BP ditingkatkan menjadi RS Panti Nugroho SJ 31 Mei 1999 Pemberkatan dan Peresmian oleh Uskup Agung Semarang Mgr.Ign Suharyo, Pr dan Sri Sultan Hamengku Buwono X.